nPara se poder efectuar a conversão entre formatos de vídeo poderemos usar o handbrake.
Para instalar no ubuntu 12.04 de forma rápida:
Abrir uma janela de terminal e digitar os seguintes comandos para adicionar o PPA à sources.list
Adiciona o repositório PPA
sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releases
Actualizar a lista dos pacotes disponíveis
sudo apt-get update
Instalar o handbrake
sudo apt-get install handbrake-gtk handbrake-cli
Nota: usem de forma responsável e nunca infringindo a legislação vigente e direitos de autor aplicavéis
Nota 2: Não experimentei em versões mais recentes do ubuntu, mas as instruções aqui mencionadas também deverão funcionar.